Testimoni de tres representants de la generació xilena que van créixer sota la dictadura de Pinochet.
El film Els fills de Pinochet documenta el testimoni de tres representants de la generació xilena que van créixer sota la dictadura de Pinochet -de la qual la directora també forma part-, i comprèn des del cop militar el 1973, quan Pinochet irromp en la vida dels xilens, fins al seu arrest i judici.
Carolina, Enrique i Alejandro eren encara uns nens quan Pinochet va assaltar violentament el poder el 1973. Tots ells han patit la dictadura. Dos dels seus pares van ser assassinats i el pare del tercer es va haver d'exiliar. Recorden el dolor i la por que van viure de petits durant els primers anys de les noves regles militars. Ja en els seus anys d'adolescència, van començar a revoltar-se contra el règim i, de cop i volta, es van veure convertits en distingits líders estudiantils dirigint moviments socials de la joventut xilena contra el dictador.
Al documental reflecteixen les causes que els van guiar cap a la rebel·lió, les motivacions, la necessitat d'obrir un espai lliure de limitacions establertes pel règim totalitari, etc. Amb el temps, abandonen gradualment la vida política. Quan arresten Pinochet, reflexionen sobre el significat i les conseqüències de la seva detenció i del seu posterior judici i sobre la manera com això els afecta, tant a ells com a Xile.