El 2001, Jakub va iniciar el seu propi estudi de cinema anomenat Young-Film. Va ser l’editor de molts documentals d’èxit Helena Třeštíková‛s (Strnadovi, Mallory, Katka, René) i va editar també llargmetratges (Fair Play, 2014, dirigit per Andrea Sedláčková; Dukla 61, 2018, dirigida per David Ondříček). Va debutar com a director amb el documental Divadlo Svoboda (Theatre Svoboda) sobre el seu avi, l'escenògraf Josef Svoboda. Amb Helena Třeštíková, va codirigir el documental de Zkáza krásou (Doomed Beauty, 2016) sobre la vida de l’actriu Lída Baarová.
